主要应用于药丸（水丸、密丸、水密丸等）、药片、药粉、药颗粒各种口服液、中西药材等的干燥与杀菌处理。长期以来，我国医药加工业都是采用传统的加热干燥、杀菌方式，如采用热风、远红外进行药品的干燥，用高温高压，钴60等进行杀菌。它们不仅热效率利用率低、加热时间长、占地面积大不利于环保。同时，杀菌要在加压120℃的高温下，保温20~40分钟，而药品的药效和营养成分必将受到一定程度的破坏。而采用微波干燥、杀菌能充分发挥微波干燥、杀菌特性，就可以解决传统加热的弊端。用精心设计的药丸微波干燥机，加工的药丸不龟裂，一致性好，保持原样性，延长了保质期。采用5KW微波口服液杀菌的设备，每小时可加工10ML的口服液5000支以上，其杀菌温度仅为80℃左右，时间不到1分钟，不仅卫生指标达标而且口服液体色泽清澄、保持了口服液原营养成分、无沉淀、口感佳。设备已通过制药GMP认证 
微波能应用技术在药品工业上的应用主要在以下几个方面：中药材的快速干燥、杀虫、灭菌；中成药、药片、药丸等的干燥、杀菌；粉状药剂的干燥、杀菌；口服液的杀菌等。 例如中药材在贮运过程中为防止霉变或加工前处理中，必需对它们进行干燥处理。以传统的加热方式不同原料进行干燥时，原料内外受热不均匀、能耗大、时间长、干燥效果不理想。而用微波进行处理，由于是物料直接吸收微波能量来达到加热的目的，因此物料内外受热均匀、速度快、时间短药材品位高、能耗小等。 如在海南养生堂药业公司用于龟鳖粉的灭菌，在京祥药业有限公司用于珍珠钙的灭菌。在甘肃奇正药业用于藏药丸的干燥和杀菌，在中山理科虫集团用于中药材的干燥和杀菌都取得了良好的经济效益和社会效益。